probleminizin sebebi browserlar pluginlerin z-indexini en üstte tutarlar, bu yüzden
JavaScript menüyü ne kadar yukarı alırsanız alın, z-indexi
flash altında kalacak. Benim bildiğim çözüm yok, velakin bulan olursa ben de duymak isterim çok kişi muzdarip bu dertten.