Bu söylediğimin çalışıp çalışmayacağını tam bilmiyorum ama Z-indexlerle oyna:
Kod:
<div id="JsMenu" style="position:absolute; z-index:100"><!--Buraya JS Menüyü yerleştir--></div>
<div id="flash" style="position:absolute; z-index:1"><!--Buraya flashı yerleştir--></div>