Sorunu çözdüm,
Google haklıymış. Root level'da herhangi bir dosya isteğini otomatik yönlendiriyordum ama bu da 301 found header'ı gönderiyordu.
Bu arada aklınızda bulunsun webmaster tools
site onayı yaparken sadece
domain.com/bilinmeyendosyaismi.
HTML dosyasının 404 cevaplayıp cevaplamadığına bakıyor, sonra kendi dosyasını okuyor.